Helmikuun 26.-27. välisenä yönä 1944 Helsingin suurten pommitusten yhteydessä pommit löysivät tiensä myös Kallionimeen. Päärakennus vaurioitui pahoin, keskeneräinen talousrakennus tuhoutui melkein kokonaan. Kesällä -44 ei toimintaa voitu jatkaa Kallioniemessä, jouduttiin “evakkoon”. Siuntiosta vuokrattiin vanha kansakoulurakennus, jonka suojissa hoidettiin äitien ja lasten lomat.
Rauhan tultua aloitettiin jälleenrakennustyöt. Päärakennuksen majoitustilat korjattiin ja parannettiin asumisolosuhteita. Tuhoutunut talousrakennus purettiin ja samalle paikalle rakennettiin uusi, jonka alakertaan sijoitettiin sauna pesu- ja pukuhuoneineen, toiseen kerrokseen keittiö, ruokasali ja muut taloustilat sekä ullakolle huoneet henkilökuntaa varten. Näin toimintaa voitiin taas jatkaa 50-luvulle. Tilaa ei ollut ruhtinaallisesti, mutta lomanviettäjät kuitenkin viihtyivät, lomien hakijat lisääntyivät vuosi vuodelta. Palkatun henkilökunnan lisäksi jäsenten talkootoiminta toi oman osansa viihtyisyyden ylläpitämisessä.